mRNA的球棍模型,其中灰色小球代表碳原子,紅色小球代表氧原子,藍色小球代表氮原子,橘色小球代表磷原子
圖爲mRNA前體上的一段莖環結構。含氮鹼基以綠色表示,而磷酸-核糖骨架則以藍色表示。注意莖(雙鏈)結構是由一條RNA單鏈通過摺疊形成

核糖核酸(英語:Ribonucleic acid),簡稱RNA,是一類由核糖核苷酸通過3',5'-磷酸二酯鍵聚合而成的線性大分子[1]。自然界中的RNA通常是單鏈的,且RNA中最基本的四種鹼基A(腺嘌呤)、U(尿嘧啶)、G(鳥嘌呤)、C(胞嘧啶)[註 1],相對的,與RNA同爲核酸的DNA通常是雙鏈分子,且含有的含氮鹼基爲A(腺嘌呤)、T(胸腺嘧啶)、G(鳥嘌呤)、C(胞嘧啶)四種。

RNA有着多種多樣的功能,可在遺傳編碼轉譯、調控、基因表達等過程中發揮作用。按RNA的功能,可將RNA分爲多種類型。比如,在細胞生物中,mRNA(傳訊RNA)爲遺傳訊息的傳遞者,它能夠指導蛋白質的合成。因爲mRNA有編碼蛋白質的能力,它又被稱爲編碼RNA。而其他沒有編碼蛋白質能力的RNA則被稱爲非編碼RNA(ncRNA)。它們經由催化生化反應,或透過調控或參與基因表達過程發揮相應的生理功能。比如,tRNA(轉運RNA)在轉譯過程中起轉運RNA的作用,rRNA(核糖體RNA)於轉譯過程中起催化肽鏈形成的作用,sRNA英语small RNA(小RNA)起到調控基因表達的作用。此外,RNA病毒甚至以RNA作爲它們的遺傳物質。

RNA通常由DNA經由轉錄生成。RNA在細胞中廣泛分佈,真核生物的細胞核細胞質粒線體中都有RNA[2]:36

與DNA的比較

RNA分子中的含氮鹼基
50S核糖體亞單位的3D結構示意圖。rRNA以土黃色表示,蛋白質以藍色表示。活性位點爲rRNA的一個小片段,以紅色標出

RNA的分子結構與DNA非常相似,但是,兩者有以下三個主要不同點:

  • 與通常是雙鏈的DNA不同,RNA通常是單鏈的,而且長度一般比DNA短得多[3][4]。不過,單鏈RNA可以通過摺疊形成雙鏈結構(這樣的雙鏈結構亦被稱爲「」),tRNA中即有這樣的結構。
  • DNA中的戊糖爲脫氧核糖,而RNA中的戊糖爲核糖[5],其區別在於,脫氧核糖的2位碳上連接的是氫原子,而核糖的2位碳上連接的是羥基)。2位碳上的羥基降低了RNA的穩定性,因爲它使得RNA更易被水解。
  • 在DNA中,與腺嘌呤(A)互補的含氮鹼基是胸腺嘧啶(T),而在RNA中,與腺嘌呤(A)互補的含氮鹼基是尿嘧啶(U),它比胸腺嘧啶少了一個甲基[6]

與DNA相似,大部分有生物活性的RNA,包括mRNAtRNArRNAsnRNA,以及其他一些非編碼RNA,雖然是單鏈,但含有自我互補的序列,能使得它們能進行摺疊[7],形成互補雙鏈結構(莖)。對RNA的分析表明,它們有着相對更複雜的結構。和DNA不同,RNA的二級結構並不是單純的雙螺旋,而由一系列短的二級結構構成。通過這些短的二級結構的組合,RNA甚至可以擁有與蛋白質相似的結構,並像那樣催化化學反應(這樣的RNA被稱爲核酶[8]。比如,對核糖體進行分析表明,其催化成肽反應的活性位點完全由RNA構成[9]

DNA與RNA的比較

項目 DNA RNA 解說
組成主幹之糖類分子[10] 2-去氧核糖磷酸 核糖和磷酸
骨架結構 规则的[11]:50双螺旋结构[12] 单螺旋结构[12] 即脱氧核糖核酸由两条脱氧核苷酸链构成,而核糖核酸由一条核糖核苷酸链构成。[11]:49
核苷酸 通常上百萬 通常數百至數千個
鹼基種類[13][12] 腺嘌呤(A)··· 胸腺嘧啶(T)
胞嘧啶(C)··· 鳥嘌呤(G)
腺嘌呤(A)··· 尿嘧啶(U)
胞嘧啶(C)··· 鳥嘌呤(G)
除部分例外,DNA為胸腺嘧啶,RNA為尿嘧啶,使RNA更易被水解。
五碳糖種類[12] 脫氧核醣 核醣
五碳糖連接組成分 氫原子 羟基 五碳糖的第二個原子上連接的組成分不同。
存在[12] 细胞核(少量存在于线粒体叶绿体 细胞质


結構

siRNA(小干擾RNA)中的鹼基互補配對(圖中省略了氫原子)

RNA的單體爲核糖核苷酸,其中的戊糖爲核糖,依系統命名法可將其中的碳原子從1'編號至5'。含氮鹼基與1'碳原子相連。RNA中最基本的四種鹼基分別爲A(腺嘌呤)、U(尿嘧啶)、G(鳥嘌呤)、C(胞嘧啶)。其中,腺嘌呤和鳥嘌呤爲雙環的嘌呤,尿嘧啶和胞嘧啶爲單環的嘧啶。磷酸基團與一個核糖殘基的3'碳原子相連,與下一個核糖核苷酸的5'碳原子相連。磷酸基團在生理pH下,並不都能帶上負電荷,因而RNA在生理條件下是帶電荷分子(聚陰離子)。C和G、U和A、G和U之間能夠形成氫鍵[14]。不過,鹼基之間也可能發生其他一些相互作用。比如,在一個凸出部分中,一群腺嘌呤可以互相連接[15],GNRA四環Tetraloop英语Tetraloop中有一個G-A鹼基對[14]

RNA的分子結構

核糖的2位碳上連有羥基爲RNA的一個重要結構特點。這類羥基使得RNA雙鏈的結構應與A型構象最接近[16],不過,在單鏈的某些二核苷酸環境下,也有極小的可能形成DNA最常見的B型螺旋構象[17]。A型構象使得RNA雙鏈的大溝狹窄而深,小溝淺而寬[18]。在RNA分子的構象高度可變區域(即不生成雙鏈結構的區域),2'-OH還能攻擊附近的磷酸二酯鍵,使得核糖-磷酸鏈斷裂[19]

通過轉錄,僅僅能使RNA鏈上帶A、U、G、C四種含氮鹼基[20]不過,轉錄後修飾能夠通過多種途徑對RNA進行改造。比如,轉錄後修飾能夠將稀有鹼基假尿嘧啶英语Pseudouridine(Ψ)加到RNA鏈上。假尿嘧啶與核糖之間的化學鍵是C-C鍵而不是尿嘧啶(U)的C-N鍵。胸腺嘧啶加到RNA鏈上的情形也很常見(最典型的例子是tRNA的TΨC環)[21]。另外,次黃嘌呤也是一種常見的稀有鹼基。次黃嘌呤爲腺嘌呤的脫氨產物,含有次黃嘌呤的核苷被稱爲肌苷(I)。在基因編碼擺動假說中,肌苷有重要的作用[22]

除以上列出的之外,經過編輯的核苷還有100多種[23]。由修飾引發的結構性變化在tRNA中最爲明顯[24],假尿嘧啶與經常在rRNA中出現2'-甲氧基核糖英语2'-O-methylation是最常見的修飾產物[25]。這些修飾的具體作用還沒有完全闡明。不過,值得注意的是,在rRNA中,許多的轉錄後修飾發生在高度功能化的區域,比如肽基轉移酶催化中心以及亞基結合部位,似乎說明轉錄後修飾對RNA發揮正常功能來說相當重要[26]

具有催化功能的單鏈RNA分子,和蛋白質相類似,需要特殊的RNA三級結構。通過分子內氫鍵形成的二級結構原件構成了三級結構的框架。二級結構形成了許多可識別的「結構域」——比如莖環結構、膨大結構(bulges)、內環結構[27]。因爲RNA分子帶電荷,不少二級結構和三級結構需要Mg2+等金屬離子來進行穩定[28]

自然界中的RNA均是由D-核糖核苷酸聚合而成的D-RNA。使用L-核糖核苷酸則可合成L-RNA。L-RNA對RNA酶的耐受力要強得多[29]

合成與修飾

RNA的合成一般由RNA聚合酶催化。RNA聚合酶以DNA爲模板,通過轉錄合成RNA。轉錄起始於RNA聚合酶與啓動子的結合(啓動子一般位於基因的上游)。因爲RNA聚合酶自帶解旋酶活性,僅依靠RNA聚合酶即可實現DNA雙鏈的解開。轉錄過程中,RNA聚合酶以3'端至5'端的方向讀取DNA模板鏈,並以5'端到3'端的方向合成與之反向平行互補的RNA鏈。轉錄的終止由終止子介導。原核生物的終止子有兩類:簡單終止子與ρ因子依賴性終止子。簡單終止子僅靠RNA形成二級結構即可終止轉錄,而後者在ρ因子的作用下才可以使轉錄終止。真核生物的轉錄終止則與轉錄後修飾密切相關[2]:323[30][31]:531-535

在真核生物中,RNA的初始轉錄物英语Primary transcript通常會經過轉錄後修飾。比如,真核生物的mRNA大都會被加上Poly(A)尾(多腺嘌呤尾巴)以及5'端帽,mRNA前體中含有的內含子序列也會被剪接體切除[31]:580-581

一些RNA是由RNA複製酶(RNA依賴性RNA聚合酶)以RNA爲模板催化合成的。比方說,RNA病毒通過RNA複製酶複製其遺傳物質[32]。另外,RNA複製酶亦參與了眾多生物體的RNA干涉過程[33]

分類

细胞中,根據結構功能的不同,RNA主要分三類,即tRNArRNA,以及mRNA。mRNA是依據DNA序列轉錄而成的蛋白質合成模板;tRNA是mRNA上遺傳密碼的識別者和氨基酸的轉運者;rRNA是組成核糖体的部分,而核糖體是蛋白質合成的機械。

細胞中還有許多種類和功能不一的小型RNA,像是組成剪接體(spliceosome)的snRNA,負責rRNA成型的snoRNA,以及參與RNAi作用的miRNAsiRNA等,可調節基因表現。而其他如I、II型内含子、RNase P、HDV、核糖體RNA等等都有催化生化反應過程的活性,即具有的活性,這類RNA被稱為核酶

调控RNA

許多種類的RNA,能夠透過與mRNA或DNA上的基因片段,部分互補的方式,來調降基因表現。例如在真核生物細胞內,所發現的微RNA(miRNA; 21-22 nt),能引發RNA干擾。miRNA與酵素複合體,會切碎mRNA,阻止該mRNA被轉譯,或加速其降解。[34][35]

雖然小干擾RNA(siRNA; 20-25 nt)的產生,通常是由分解病毒RNA得到,然而也存在內源性的siRNA。[36][37]而siRNA引發RNA干擾的機制類似miRNA,有些miRNA和siRNA,能造成其目標基因被甲基化,從而促進或抑制該基因的轉錄。.[38][39][40]此外,在動物生殖細胞內,所活躍的Piwi-interacting RNA(piRNA; 29-30 nt),被認為能預防轉座子,並在配子的發生上,扮演重要角色。[41][42]

許多的原核生物,具有CRISPR RNAs,其作用機制類似於真核生物的RNA干擾。[43]其中反義RNA(Antisense RNAs)是最常見的,大多數能調降基因表現,但也有少部分會活化轉錄進行。[44]反義RNA的作用機制之一,是藉由與mRNA互補配對,來形成雙股RNA,而被酵素降解。[45]此外,在真核細胞內,也許多能調控基因的非編碼RNA[46]一個常見的例子是Xist,它會附在雌性哺乳動物的其中一個X染色體上,造成其去活化[47]

一段mRNA自身可能帶有調控元件,例如riboswitches,在其五端非轉譯區(5' untranslated region)或三端非轉譯區(3' untranslated region),包含有順式作用元件(cis-regulatory elements)能夠調控該mRNA的活性。[48]此外,非編碼區上也有可能帶有,能調控其它基因的調控元件。[49]

修饰其它RNA

一種的常見RNA修飾,尿苷(Uridine)被轉換成假尿苷(Pseudouridine)。

許多的RNA會幫助修飾其它RNA。如前信使RNA(pre-mRNA)中的內含子,會被含有許多核小RNA(snRNA)的剪接體剪接[6]或者RNA本身能作為核酶,剪接自己的內含子。[50]

RNA上的核苷酸也可能被修飾,變成非A、U、G、C的核苷酸。在真核細胞中,RNA上核苷酸的修飾,通常是由在細胞核卡哈爾體中發現的,小核仁RNA(snoRNA; 60-300 nt)所主導。[51]snoRNA會連結酵素,並以鹼基對的方式,引導它們去接上RNA,之後酵素便開始RNA核苷酸的修飾。鹼基修飾廣泛發生於rRNAtRNA中,然而snRNAmRNA也有可能是鹼基修飾的目標。[52][53]此外,RNA也可能被甲基化。[54][55]

RNA基因组

如同DNA,RNA也可以攜帶遺傳信息。RNA病毒基因組由RNA組成,可以轉譯出多種蛋白質,其中一些負責基因組的複製,而其它的則作為保護構造,在病毒離開宿主細胞後,保護基因組。類病毒是另一種類型的病原體,但它們僅由RNA組成,且該RNA並不會轉譯出任何蛋白質,並利用宿主的聚合酶來複製。[56]

逆转录

反轉錄病毒藉由將RNA反轉錄成為DNA,DNA副本再轉錄為RNA的方式,來複製他們的基因組。反轉錄轉座子也利用此方法,來複製DNA與RNA,以完成轉座。[57]此外,真核細胞內的端粒酶,也包含一個作為模板的RNA,利用它來延長染色體端粒。[58]

双链RNA

雙鏈RNA(dsRNA)是指具有兩個互補鏈的RNA,與細胞中的DNA結構相似,它也是某些病毒(雙鏈RNA病毒)的遺傳物質。雙鏈RNA如病毒RNA或小干擾RNA(siRNA),可以觸發真核生物RNA干擾,以及脊椎動物干擾素反應。[59][60][61][62]

发现史

羅伯特·威廉·霍利(左側)及其研究團隊合影。

與RNA相關的研究,造就了許多生物學的發現,以及諾貝爾獎。而核酸於1868年由弗雷德里希·米歇爾(Friedrich Miescher)發現,當時他將該物質稱作「核素」,因為它是在細胞核中被找到的。[63]但不久後,科學家也在沒有細胞核的原核生物中,也發現了核酸。此外,早在1939年就有人懷疑,RNA在蛋白質合成中所扮演的角色。[64]塞韋羅·奧喬亞(Severo Ochoa de Albornoz)與阿瑟·科恩伯格(Arthur Kornberg),因為在實驗室內發現了,能夠合成RNA的酵素,而獲得1959年的諾貝爾生理學或醫學獎[65]然而,之後的研究顯示,由他們所發現的酵素多核苷酸磷酸化酶 (英语),是負責RNA降解,而非RNA合成。

羅伯特·威廉·霍利(Robert W. Holley)於1965年,發現酵母菌裡大小為77個核苷酸的tRNA序列,[66] 並於1968年與哈爾·葛賓·科拉納(Har Gobind Khorana)以及馬歇爾·沃倫·尼倫伯格(Marshall Warren Nirenberg)共同獲得了諾貝爾生理或醫學獎。在1967年,卡爾·烏斯推測RNA可能具有催化能力,並提出建議指出,最早的生命形式(自我複製的分子)可能依賴於RNA,來攜帶遺傳信息和催化生化反應,即RNA世界學說[67][68]

反轉錄病毒反轉錄酶,於1970年代早期被發現的,使人們了解到RNA能被反轉錄為DNA(與中心法則的一般情況,DNA轉錄為RNA相反)。 這項發現,使戴維·巴爾的摩(David Baltimore)、羅納托·杜爾貝科(Renato Dulbecco)與霍華德·馬丁·特明(Howard Temin),共同獲得了1975年的諾貝爾生理學或醫學獎。此外在1976年,瓦爾特·菲爾斯 (英语)以及他的團隊,首度確定了RNA病毒完整基因組的鹼基序列(噬菌體MS2)。[69]

在1997年,菲利普·夏普(Philip Sharp)與理察·羅伯茨(Richard Roberts),因為發現哺乳類動物病毒及細胞基因中,具有內含子且會發生RNA剪接,而獲得1993年的諾貝爾生理學或醫學獎。具有催化功能的RNA(核酶)在1980年代早期被發現,而使得托馬斯·切赫(Thomas Cech)與西德尼·奧爾特曼(Sidney Altman),獲得1989年的諾貝爾化學獎。而1990年所發現在碧冬茄屬上,導入基因會靜默植物體自身相似的基因的現象,現今被認為是RNA干擾的結果。[70][71]

且大約在同時,大小約22個核苷酸的RNA(現在被稱為微RNA),被發現在線蟲發育上,扮演重要角色。[72]而於RNA干擾的研究,讓安德魯·法厄(Andrew Fire)與克雷格·梅洛(Craig Mello),獲得了2006年的諾貝爾生理學或醫學獎;而同年的諾貝爾化學獎,得獎原因也與RNA相關(在RNA轉錄上的研究),由羅傑·科恩伯格(Roger Kornberg)獲得。此外調控RNA的發現,促使了RNA藥物的開發,如利用小干擾RNA來靜默目標基因。[73]

参见

註釋

  1. 通過轉錄後修飾,RNA可能會帶上假尿嘧啶英语Pseudouridine(Ψ)這樣的稀有鹼基

參考文獻

  1. David Hames & Nigel Hooper. Instant Notes in Biochemistry (導讀本) 3rd edition. 科学出版社. 2005: 193. ISBN 978-7-03-025218-0. 
  2. 2.0 2.1 查錫良 藥立波. 生物化學與分子生物學 第八版. 人民衛生出版社. 2013. ISBN 978-7-117-17214-1. 
  3. RNA: The Versatile Molecule. University of Utah. 2015. 
  4. Nucleotides and Nucleic Acids (PDF). University of California, Los Angeles. 
  5. R.N. Shukla. Analysis of Chromosomes. ISBN 9789384568177. 
  6. 6.0 6.1 Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L. Biochemistry 5th. WH Freeman and Company. 2002: 118–19, 781–808. ISBN 0-7167-4684-0. OCLC 179705944 48055706 59502128. 
  7. I. Tinoco & C. Bustamante. How RNA folds. J. Mol. Biol. 1999, 293 (2): 271–281. PMID 10550208. doi:10.1006/jmbi.1999.3001. 
  8. Higgs PG. RNA secondary structure: physical and computational aspects. Quarterly Reviews of Biophysics. 2000, 33 (3): 199–253. PMID 11191843. doi:10.1017/S0033583500003620. 
  9. Nissen P; Hansen J; Ban N; Moore PB; Steitz TA. The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis. Science. 2000, 289 (5481): 920–30. Bibcode:2000Sci...289..920N. PMID 10937990. doi:10.1126/science.289.5481.920. 
  10. Berg J., Tymoczko J. and Stryer L. (2002) Biochemistry. W. H. Freeman and Company ISBN 0-7167-4955-6
  11. 11.0 11.1 薛金星. 中学教材全解 工具版 高中生物必修1 分子与细胞. 陕西人民教育出版社. ISBN 9787545015751. 
  12. 12.0 12.1 12.2 12.3 12.4 人民教育出版社. 生物1 必修 分子与细胞. ISBN 9787107176708. 
  13. 生命的螺旋-DNA與RNA. 國立科學工藝博物館. 
  14. 14.0 14.1 Lee JC; Gutell RR. Diversity of base-pair conformations and their occurrence in rRNA structure and RNA structural motifs. J. Mol. Biol. 2004, 344 (5): 1225–49. PMID 15561141. doi:10.1016/j.jmb.2004.09.072. 
  15. Barciszewski J; Frederic B; Clark C. RNA biochemistry and biotechnology. Springer. 1999: 73–87. ISBN 0-7923-5862-7. OCLC 52403776. 
  16. Salazar M; Fedoroff OY; Miller JM; Ribeiro NS; Reid BR. The DNA strand in DNAoRNA hybrid duplexes is neither B-form nor A-form in solution. Biochemistry. 1992, 32 (16): 4207–15. PMID 7682844. doi:10.1021/bi00067a007. 
  17. Sedova A; Banavali NK. RNA approaches the B-form in stacked single strand dinucleotide contexts. Biopolymers. 2016, 105 (2): 65–82. PMID 26443416. doi:10.1002/bip.22750. 
  18. Hermann T; Patel DJ. RNA bulges as architectural and recognition motifs. Structure. 2000, 8 (3): R47–R54. PMID 10745015. doi:10.1016/S0969-2126(00)00110-6. 
  19. Mikkola S; Stenman E; Nurmi K; Yousefi-Salakdeh E; Strömberg R; Lönnberg H. The mechanism of the metal ion promoted cleavage of RNA phosphodiester bonds involves a general acid catalysis by the metal aquo ion on the departure of the leaving group. Perkin transactions 2. 1999, (8): 1619–26. doi:10.1039/a903691a. 
  20. Jankowski JAZ; Polak JM. Clinical gene analysis and manipulation: Tools, techniques and troubleshooting. Cambridge University Press. 1996: 14. ISBN 0-521-47896-0. OCLC 33838261. 
  21. Yu Q; Morrow CD. Identification of critical elements in the tRNA acceptor stem and TΨC loop necessary for human immunodeficiency virus type 1 infectivity. J Virol. 2001, 75 (10): 4902–6. PMC 114245. PMID 11312362. doi:10.1128/JVI.75.10.4902-4906.2001. 
  22. Elliott MS; Trewyn RW. Inosine biosynthesis in transfer RNA by an enzymatic insertion of hypoxanthine. J. Biol. Chem. 1983, 259 (4): 2407–10. PMID 6365911. 
  23. Cantara, WA; Crain, PF; Rozenski, J; McCloskey, JA; Harris, KA; Zhang, X; Vendeix, FA; Fabris, D; Agris, PF. The RNA Modification Database, RNAMDB: 2011 update. Nucleic Acids Research. January 2011, 39 (Database issue): D195–201. PMC 3013656. PMID 21071406. doi:10.1093/nar/gkq1028. 
  24. Söll D; RajBhandary U. TRNA: Structure, biosynthesis, and function. ASM Press. 1995: 165. ISBN 1-55581-073-X. OCLC 183036381. 
  25. Kiss T. Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs. The EMBO Journal. 2001, 20 (14): 3617–22. PMC 125535. PMID 11447102. doi:10.1093/emboj/20.14.3617. 
  26. King TH; Liu B; McCully RR; Fournier MJ. Ribosome structure and activity are altered in cells lacking snoRNPs that form pseudouridines in the peptidyl transferase center. Molecular Cell. 2002, 11 (2): 425–35. PMID 12620230. doi:10.1016/S1097-2765(03)00040-6. 
  27. Mathews DH; Disney MD; Childs JL; Schroeder SJ; Zuker M; Turner DH. Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004, 101 (19): 7287–92. Bibcode:2004PNAS..101.7287M. PMC 409911. PMID 15123812. doi:10.1073/pnas.0401799101. 
  28. Tan ZJ; Chen SJ. Salt dependence of nucleic acid hairpin stability. Biophys. J. 2008, 95 (2): 738–52. Bibcode:2008BpJ....95..738T. PMC 2440479. PMID 18424500. doi:10.1529/biophysj.108.131524. 
  29. Vater A; Klussmann S. Turning mirror-image oligonucleotides into drugs: the evolution of Spiegelmer therapeutics. Drug Discovery Today. January 2015, 20 (1): 147–155. PMID 25236655. doi:10.1016/j.drudis.2014.09.004. 
  30. Nudler E; Gottesman ME. Transcription termination and anti-termination in E. coli. Genes to Cells. 2002, 7 (8): 755–68. PMID 12167155. doi:10.1046/j.1365-2443.2002.00563.x. 
  31. 31.0 31.1 Jocelyn E.KREBS; 等. Gene XI. JONES&BARTLETT LEARNING(高等教育出版社出版). 2014. ISBN 978-7-04-039649-2. 
  32. Jeffrey L Hansen; Alexander M Long; Steve C Schultz. Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus. Structure. 1997, 5 (8): 1109–22. PMID 9309225. doi:10.1016/S0969-2126(97)00261-X. 
  33. Ahlquist P. RNA-Dependent RNA Polymerases, Viruses, and RNA Silencing. Science. 2002, 296 (5571): 1270–73. Bibcode:2002Sci...296.1270A. PMID 12016304. doi:10.1126/science.1069132. 
  34. Wu L, Belasco JG. Let me count the ways: mechanisms of gene regulation by miRNAs and siRNAs. Mol. Cell. January 2008, 29 (1): 1–7. PMID 18206964. doi:10.1016/j.molcel.2007.12.010. 
  35. Matzke MA, Matzke AJM. Planting the seeds of a new paradigm. PLoS Biology. 2004, 2 (5): e133. PMC 406394. PMID 15138502. doi:10.1371/journal.pbio.0020133. 
  36. Vazquez F, Vaucheret H, Rajagopalan R, Lepers C, Gasciolli V, Mallory AC, Hilbert J, Bartel DP, Crété P. Endogenous trans-acting siRNAs regulate the accumulation of Arabidopsis mRNAs. Molecular Cell. 2004, 16 (1): 69–79. PMID 15469823. doi:10.1016/j.molcel.2004.09.028. 
  37. Watanabe T, Totoki Y, Toyoda A; 等. Endogenous siRNAs from naturally formed dsRNAs regulate transcripts in mouse oocytes. Nature. May 2008, 453 (7194): 539–43. Bibcode:2008Natur.453..539W. PMID 18404146. doi:10.1038/nature06908. 
  38. Sontheimer EJ, Carthew RW. Silence from within: endogenous siRNAs and miRNAs. Cell. July 2005, 122 (1): 9–12. PMID 16009127. doi:10.1016/j.cell.2005.06.030. 
  39. Doran G. RNAi – Is one suffix sufficient?. Journal of RNAi and Gene Silencing. 2007, 3 (1): 217–19. (原始内容存档于2007-07-16). 
  40. Pushparaj PN, Aarthi JJ, Kumar SD, Manikandan J. RNAi and RNAa — The Yin and Yang of RNAome. Bioinformation. 2008, 2 (6): 235–7. PMC 2258431. PMID 18317570. doi:10.6026/97320630002235. 
  41. Horwich MD, Li C Matranga C, Vagin V, Farley G, Wang P, Zamore PD. The Drosophila RNA methyltransferase, DmHen1, modifies germline piRNAs and single-stranded siRNAs in RISC. Current Biology. 2007, 17 (14): 1265–72. PMID 17604629. doi:10.1016/j.cub.2007.06.030. 
  42. Girard A, Sachidanandam R, Hannon GJ, Carmell MA. A germline-specific class of small RNAs binds mammalian Piwi proteins. Nature. 2006, 442 (7099): 199–202. Bibcode:2006Natur.442..199G. PMID 16751776. doi:10.1038/nature04917. 
  43. Horvath P, Barrangou R. CRISPR/Cas, the Immune System of Bacteria and Archaea. Science. 2010, 327 (5962): 167–70. Bibcode:2010Sci...327..167H. PMID 20056882. doi:10.1126/science.1179555. 
  44. Wagner EG, Altuvia S, Romby P. Antisense RNAs in bacteria and their genetic elements. Adv Genet. Advances in Genetics. 2002, 46: 361–98. ISBN 9780120176465. PMID 11931231. doi:10.1016/S0065-2660(02)46013-0. 
  45. Gilbert SF. Developmental Biology 7th. Sinauer. 2003: 101–3. ISBN 0-87893-258-5. OCLC 154656422 154663147 174530692 177000492 177316159 51544170 54743254 59197768 61404850 66754122. 
  46. Amaral PP, Mattick JS. Noncoding RNA in development. Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society. October 2008, 19 (7–8): 454–92. PMID 18839252. doi:10.1007/s00335-008-9136-7. 
  47. Heard E, Mongelard F, Arnaud D, Chureau C, Vourc'h C, Avner P. Human XIST yeast artificial chromosome transgenes show partial X inactivation center function in mouse embryonic stem cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999, 96 (12): 6841–46. Bibcode:1999PNAS...96.6841H. PMC 22003. PMID 10359800. doi:10.1073/pnas.96.12.6841. 
  48. Batey RT. Structures of regulatory elements in mRNAs. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16 (3): 299–306. PMID 16707260. doi:10.1016/j.sbi.2006.05.001. 
  49. Scotto L, Assoian RK. A GC-rich domain with bifunctional effects on mRNA and protein levels: implications for control of transforming growth factor beta 1 expression. Mol. Cell. Biol. June 1993, 13 (6): 3588–97. PMC 359828. PMID 8497272. 
  50. Steitz TA, Steitz JA. A general two-metal-ion mechanism for catalytic RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90 (14): 6498–502. Bibcode:1993PNAS...90.6498S. PMC 46959. PMID 8341661. doi:10.1073/pnas.90.14.6498. 
  51. Wirta W. Mining the transcriptome – methods and applications. Stockholm: School of Biotechnology, Royal Institute of Technology. 2006. ISBN 91-7178-436-5. OCLC 185406288. 
  52. Xie J, Zhang M, Zhou T, Hua X, Tang L, Wu W. Sno/scaRNAbase: a curated database for small nucleolar RNAs and cajal body-specific RNAs. Nucleic Acids Res. 2007, 35 (Database issue): D183–7. PMC 1669756. PMID 17099227. doi:10.1093/nar/gkl873. 
  53. Omer AD, Ziesche S, Decatur WA, Fournier MJ, Dennis PP. RNA-modifying machines in archaea. Molecular Microbiology. 2003, 48 (3): 617–29. PMID 12694609. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03483.x. 
  54. Cavaillé J, Nicoloso M, Bachellerie JP. Targeted ribose methylation of RNA in vivo directed by tailored antisense RNA guides. Nature. 1996, 383 (6602): 732–5. Bibcode:1996Natur.383..732C. PMID 8878486. doi:10.1038/383732a0. 
  55. Kiss-László Z, Henry Y, Bachellerie JP, Caizergues-Ferrer M, Kiss T. Site-specific ribose methylation of preribosomal RNA: a novel function for small nucleolar RNAs. Cell. 1996, 85 (7): 1077–88. PMID 8674114. doi:10.1016/S0092-8674(00)81308-2. 
  56. Daròs JA, Elena SF, Flores R. Viroids: an Ariadne's thread into the RNA labyrinth. EMBO Rep. 2006, 7 (6): 593–8. PMC 1479586. PMID 16741503. doi:10.1038/sj.embor.7400706. 
  57. Kalendar R, Vicient CM, Peleg O, Anamthawat-Jonsson K, Bolshoy A, Schulman AH. Large retrotransposon derivatives: abundant, conserved but nonautonomous retroelements of barley and related genomes. Genetics. 2004, 166 (3): 1437–50. PMC 1470764. PMID 15082561. doi:10.1534/genetics.166.3.1437. 
  58. Podlevsky JD, Bley CJ, Omana RV, Qi X, Chen JJ. The telomerase database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D339–43. PMC 2238860. PMID 18073191. doi:10.1093/nar/gkm700. 
  59. Blevins T; Rajeswaran, R.; Shivaprasad, P. V.; Beknazariants, D.; Si-Ammour, A.; Park, H.-S.; Vazquez, F.; Robertson, D.; Meins, F.; 等. Four plant Dicers mediate viral small RNA biogenesis and DNA virus induced silencing. Nucleic Acids Res. 2006, 34 (21): 6233–46. PMC 1669714. PMID 17090584. doi:10.1093/nar/gkl886. 
  60. Jana S, Chakraborty C, Nandi S, Deb JK. RNA interference: potential therapeutic targets. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2004, 65 (6): 649–57. PMID 15372214. doi:10.1007/s00253-004-1732-1. 
  61. Schultz U, Kaspers B, Staeheli P. The interferon system of non-mammalian vertebrates. Dev. Comp. Immunol. 2004, 28 (5): 499–508. PMID 15062646. doi:10.1016/j.dci.2003.09.009. 
  62. Kathryn A. Whitehead, James E. Dahlman, Robert S. Langer, Daniel G. Anderson. Silencing or stimulation? siRNA delivery and the immune system. Annual Review of Chemical and Biomolecular Engineering. 2011, 2: 77–96 [2019-05-26]. ISSN 1947-5438. PMID 22432611. doi:10.1146/annurev-chembioeng-061010-114133. 
  63. Dahm R. Friedrich Miescher and the discovery of DNA. Developmental Biology. 2005, 278 (2): 274–88. PMID 15680349. doi:10.1016/j.ydbio.2004.11.028. 
  64. Caspersson T, Schultz J. Pentose nucleotides in the cytoplasm of growing tissues. Nature. 1939, 143 (3623): 602–3. Bibcode:1939Natur.143..602C. doi:10.1038/143602c0. 
  65. Ochoa S. Enzymatic synthesis of ribonucleic acid (PDF). Nobel Lecture. 1959. 
  66. Holley RW; Apgar, J.; Everett, G. A.; Madison, J. T.; Marquisee, M.; Merrill, S. H.; Penswick, J. R.; Zamir, A.; 等. Structure of a ribonucleic acid. Science. 1965, 147 (3664): 1462–65. Bibcode:1965Sci...147.1462H. PMID 14263761. doi:10.1126/science.147.3664.1462. 
  67. Siebert S. Common sequence structure properties and stable regions in RNA secondary structures (PDF). Dissertation, Albert-Ludwigs-Universität, Freiburg im Breisgau: 1. 2006. (原始内容 (PDF)存档于2012-03-09). 
  68. Szathmáry E. The origin of the genetic code: amino acids as cofactors in an RNA world. Trends Genet. 1999, 15 (6): 223–9. PMID 10354582. doi:10.1016/S0168-9525(99)01730-8. 
  69. Fiers W; Ysebaert, R.; Duerinck, F.; Haegeman, G.; Iserentant, D.; Merregaert, J.; Min Jou, W.; Molemans, F.; Raeymaekers, A.; 等. Complete nucleotide-sequence of bacteriophage MS2-RNA: primary and secondary structure of replicase gene. Nature. 1976, 260 (5551): 500–7. Bibcode:1976Natur.260..500F. PMID 1264203. doi:10.1038/260500a0. 
  70. Napoli C, Lemieux C, Jorgensen R. Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible co-suppression of homologous genes in trans. Plant Cell. 1990, 2 (4): 279–89. PMC 159885. PMID 12354959. doi:10.1105/tpc.2.4.279. 
  71. Dafny-Yelin M, Chung SM, Frankman EL, Tzfira T. pSAT RNA interference vectors: a modular series for multiple gene down-regulation in plants. Plant Physiol. December 2007, 145 (4): 1272–81. PMC 2151715. PMID 17766396. doi:10.1104/pp.107.106062. 
  72. Ruvkun G. Glimpses of a tiny RNA world. Science. 2001, 294 (5543): 797–99. PMID 11679654. doi:10.1126/science.1066315. 
  73. Fichou Y, Férec C. The potential of oligonucleotides for therapeutic applications. Trends in Biotechnology. 2006, 24 (12): 563–70. PMID 17045686. doi:10.1016/j.tibtech.2006.10.003. 

外部链接